來自美國北方的共和黨人林肯雖然不是解放黑奴的倡言者，但他認為蓄奴不人道，反對擴大蓄奴，而一向以奴隸來發展產業的南方對此感到強烈反對。1860 年，林肯當選總統，而林肯在政綱中提及的保護關稅及《宅地法》大大削弱了南方奴隸主的利益。這使南卡羅萊那州在1861年旋即宣布退出聯邦，而南方各州亦紛紛響應南卡羅來納州，脫離聯邦，並成立「美利堅聯盟」，推舉來自肯塔基州的傑斐遜．戴維斯為總統。

兩個月後，南方政府開始發動武裝，北方政府被逼應戰，南北戰爭開始爆發。 最後北軍在戰略以及經濟上的優勢使得1865年4月李將軍終於放棄了南部聯盟的首府(里奇蒙)，北軍勝利的態勢已經非常明顯， 李將軍在里奇蒙淪陷後一週內投降。於是在1865 年5月26日，南軍全數投降，戰事宣告結束。 在南北戰爭接近尾聲之際，邊境州份密蘇里州及馬里蘭州隨戰事的進展終止了奴隸制度，在1864年12月, 國會動議美國憲法第13修正案；戰爭結束後，第13修正案在1865年尾被完全訂立，全美國廢止了奴隸制度。1868年第14修正案確定公民權利及給予聯邦政府更大權力以要求各州提供平等法律保障。1870年訂立第15修正案保證男性黑人（不包括女性黑人）投票權利。 然而美國的北部雖然享受了經濟和政治上的勝利，但也因此而付出了很多犧牲，其中包括被支持南方的恐怖份子刺殺的林肯總統。