在遠古的冰河時期，地球上的水有許多是以冰的形式凍結在兩極，或是以雪及冰川的型態覆蓋在陸地上；海中的水少了，海平面因此也比現在低許多，以至於介於大陸和臺灣間的台灣海峽就露出底來。 時光荏苒，物換星移，這些分居臺灣南北、不同來源的魚種，都逐漸向中部擴張，因而造就了現今臺灣中部魚種南北混雜的特性。除了一些由大陸河川遷移過來的淡水魚外，臺灣還有一族由海洋進入河川生活的淡水魚種，譬如：鰻魚、蝦虎魚等。 臺灣魚類發源及遷移的整個過程，大概可以追溯到百萬年來地球多次冰河期所形成的因果。但不論如何，我們今日所看到山澗溪流、野塘淺埤中任何一條原生魚種的出現，其實都反映了自然史上成千上萬年演化的成果。